公司按协议发工资的处理结果，可能因以下特殊情况发生变化：
1. 协议存在可撤销情形：若公司以“不签协议就辞退”等胁迫手段让您签订工资协议，或协议内容存在欺诈（如隐瞒工资构成中的扣除项），该协议属于可撤销合同。您有权在知道撤销事由之日起1年内向法院申请撤销，撤销后公司需按法定标准或合理约定补发工资。
2. 公司破产或经营困难：若公司按协议发工资期间进入破产程序，您的工资将作为优先债权受偿，但可能因公司资产不足以清偿全部债务，导致无法全额领取协议约定的工资，此时需通过破产清算程序申报债权。
3. 集体合同与协议冲突：若公司与工会签订的集体合同中约定的工资标准高于您个人协议的约定，根据《劳动合同法》第五十五条，您有权要求公司按集体合同标准执行，公司不能仅以个人协议为由拒绝补足差额。
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您询问的“公司按协议发工资怎么办”需结合协议合法性与实际履行情况判断。
1. 若协议内容合法且双方自愿签订，公司按协议发工资属于合规行为。
2. 若协议存在欺诈、胁迫等可撤销情形，或违反最低工资标准等法律强制性规定，公司按协议发工资可能不合法，您有权主张补足差额。
3. 若协议未明确工资构成或支付方式，双方需协商补充约定，协商不成可按集体合同或同工同酬原则处理。
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公司按协议发工资时，常见的错误操作可能影响您的权益：
1. 忽视协议合法性审查：直接默认协议内容全部有效，未发现协议中“工资低于最低工资”“不支付加班费”等违法条款，导致长期无法获得法定劳动报酬。
2. 未及时固定证据：未保存工资条、银行流水等发放记录，或删除与公司沟通工资的聊天记录，后续发现少发时因缺乏证据无法维权。
3. 超时效主张权利：知道公司未按法定标准发放工资后，未在1年内申请劳动仲裁，超过时效后仲裁机构可能不予受理，丧失胜诉权。
若您曾出现上述错误操作，或不确定如何补救，可进一步向律师咨询解决方案。
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公司按协议发工资可能存在以下法律风险：
1. 协议违法导致权益受损风险：例如，协议约定您的月工资为1800元，而当地最低工资标准为2000元，该条款因违反法律强制性规定无效，但您若未察觉，可能连续数月领取低于法定标准的工资，累计损失达数千元。
2. 证据不足无法维权风险：例如，公司按协议发放工资时少发了绩效奖金，但您未保存绩效计算依据和工资条，后续与公司协商时，公司以“无记录”为由拒绝补足，您因缺乏证据无法通过仲裁追回差额。

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